Pese a que el club y sus competencias pertenecen al Real Madrid Club de Fútbol, el equipo filial ha contado con presidencia propia desde sus inicios hasta el año 1990. Tras dieciséis años sin presidente propio, y siendo el presidente de la entidad Florentino Pérez, instauró el 28 de julio de 2006 de nuevo el antiguo privilegio a Francisco Moreno Cariñena, socio de la entidad y compromisario desde 1982, camisetas del real madrid nombrándole así primer máximo mandatario del filial blanco desde hacía décadas.