Para la temporada 2003-04, Jupp Heynckes abandonaba el banquillo para ser sustituido por Ernesto Valverde, un entrenador de la casa que acababa de subir del filial. Con Ernesto Valverde el Athletic se clasificó para la Copa de la UEFA, terminando la temporada en 5.ª posición. Esta temporada también supuso la consolidación en el primer equipo de Andoni Iraola, tercera equipacion real madrid lateral derecho que sustituyó al cuestionado Iñigo Larrainzar.